Eu acho que isso em Flash é bastante simples. Colocas a resolução em 800x600 e constróis o site todo, dps mudas para 1024X768 e ajustas a essa resolução.
Ou seja, vais ter de encontrar um "acordo" algures no meio onde o site fique bem nas 2 resoluções.
Para sites em HTML, existe uma função em JavaScript que o Grettir ensina e muito bem que altera as dimensões de certos objectos na página e as respectivas localizações dependendo da resolução do browser do visitante.
Também em HTML sem ser em JavaScript no dreamweaver há uma função do estilo cross browsing que ao detectar a resolução usada reenvia o visitante para um site todo construído numa resolução ou a versão na resolução diferente.