Esse assunto já foi discutido
aqui no fórum.
Resumindo.
A maneira mais comum, passa por utilizar um script de detecção do flash e no conteúdo alternativo colocar o máximo de informação possível.
Ou se for posssível, uma versão alternativa sem flash.
Como o googleBot ñ tem capacidade para "ler" conteúdo flash, vai ser reencaminhado para a versão que consegue ler e indexar.
Como o link é o mesmo para as duas versões, quando alguém clicar no resultado do google e tiver o flashplayer necessário, vai ver o teu site versão flash. Caso contrário, vê a versão alternativa.